Các đội tham dự AFC Cup 2013

Chú thích:

TH: Đương kim vô địch
RU: Đương kim á quân
1st, 2nd, 3rd,...: Vị trí tại giải quốc nội
CW: Đội vô địch cúp quốc gia
PW: Đội thắng play-off dự AFC Cup cuối mùa

Các đội tham dự AFC Cup 2013 (theo vòng đấu lọt vào)
Vòng bảng
Tây Á
Al-Kuwait TH (2nd)	Al-Faisaly (1st, CW)	Al-Ansar (CW)	Ravshan Kulob (1st)
Erbil RU (1st)	Al-Ramtha (2nd)	Fanja (1st)	Regar-TadAZ (CW)
Al-Riffa (1st)	Al-Qadsia (1st, CW)	Dhofar (CW)	Al-Shaab Ibb (1st)
Dohuk (2nd)	Safa (1st)	Al-Shorta (1st)
Đông Á
Kiệt Chí (1st)	Semen Padang (1st)	New Radiant (1st)	Tampines Rovers (1st)
Sunray Cave JC Sun Hei (PW)	Persibo Bojonegoro (CW)	Maziya (CW)	Warriors (CW) [Note SIN]
East Bengal (2nd, CW)	Kelantan (1st, CW)	Yangon United (1st)	SHB Đà Nẵng (1st)
Churchill Brothers (3rd) [Note IND]	Selangor (3rd) [Note MAS]	Ayeyawady United (CW)	Sài Gòn Xuân Thành (CW)

Vòng loại
Tây Á
Al-Wahda (CW)	Al-Ahli Taizz (CW)

Al-Muharraq (CW) bỏ giải sau khi lễ bốc thăm diễn ra. Do đó, Regar-TadAZ, ban đầu tham dự vòng loại, thay vào đó trực tiếp vào vòng bảng và chỉ có hai đội tham dự vòng loại.

Chú thích

^
Ấn Độ (IND): Dempo, đội vô địch I-League 2011–12, từ chối tham dự AFC Cup 2013, vì vậy được thay thế bởi Churchill Brothers, đội hạng ba của giải.[5]
^
Malaysia (MAS): Mặc dù Selangor chỉ kết thúc ở vị trí thứ ba tại Malaysia Super League 2012, họ vẫn được trao suất dự AFC Cup vì đội á quân giải đấu, LionsXII, được quản lý bởi Hiệp hội bóng đá Singapore, và do đó không đủ điều kiện để đại diện cho Malaysia tham dự AFC Cup.
^
Singapore (SIN): Warriors trước đây tên là Singapore Armed Forces.[6]